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Das Museum wurde 1838 in einem Gebäude aus dem 17. Jahrhundert eingeweiht - dem Palais de Malte, das 1825 von der Stadt gekauft wurde - und profitiert von mehreren großen privaten Spenden: denen von François-Marius Granet, dessen Name dem Museum 1949 während des 100 sein Tod, aber auch die von Bourguignon de Fabregoules, Gueidan, Fernand Dol. Anfang der 1990er-Jahre begann die Stadt Aix-en-Provence mit Unterstützung des Staates, der Region Provence-Alpes-Côte-d'Azur und des Departements Bouches du Rhône mit einer vollständigen Renovierung des Museums.
Im März 2006 öffnete es nach fünfjähriger Bauzeit seine 4.500 m2 große Fläche für die Öffentlichkeit.